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HanjariFold 개발팀은 최근 진행된 단백질 3차원 구조 예측 및 정제 분야의 국제 벤치마크 프로그램(CASP)에 참여하여, 공개된 대상 타깃들에 대한 계산 구조 제출 작업을 모두 완료하였습니다.

현재는 공식 제출 기간이 마감되어 주최 측 및 평가위원회의 심층 평가가 진행되는 단계에 접어들었습니다.

연구 개요 및 적용 파이프라인

이번 작업에서는 최신 딥러닝 기반 모델링 기법을 통해 확보된 초기 구조 좌표를 바탕으로, HanjariFold의 독자적인 정제 및 물리 최적화 알고리즘을 연계 적용하였습니다.

• 물리적 힘장 최소화 (HanjariNebula Engine):

  원자 간 비물리적 입체 충돌(Steric Clash)을 해소하고 수소결합 및 표면 수화 껍질을 연속적으로 배치하여 위치 에너지를 안정화하였습니다.

• 기하 구속 기반 정밀 조율 (CosmicDistiller Engine):

  결정학적 표준에 부합하는 주쇄 2면각(Ramachandran distribution) 및 화학 결합 기하 구조를 정돈하여 구조의 물리화학적 신뢰도를 보정하였습니다.

데이터 공개 원칙 및 엠바고 준수

벤치마크 평가의 독립성과 공정성을 존중하기 위해, 대회 운영 규정과 비공개 실험 데이터 보호 원칙에 따라 다음과 같은 기준을 유지합니다.

1. 타깃별 세부 정보 및 좌표 비공개:

   공식 평가가 완료되기 전까지 개별 타깃의 식별자(Target ID) 및 제출된 세부 원자 좌표는 외부에 공개하지 않습니다.

2. 사전 비교 분석 배제:

   실험 그룹의 정답 결정 구조(Ground Truth)가 공식적으로 릴리즈되기 전까지 어떠한 형태의 예단이나 사전 정합성 분석도 진행하지 않습니다.

향후 분석 계획 (12월 이후)

주최 측의 공식 평가 결과가 공표되고 실험 구조 데이터가 정식으로 공개되는 12월 이후, 다음과 같은 분석 포스팅을 순차적으로 게재할 예정입니다.

• 실험 정답 구조(Ground Truth)와의 1:1 정합성 분석:

  실제 고해상도 X-선/Cryo-EM 구조 대비 HanjariFold 정제 엔진이 달성한 백본 정밀도 및 곁사슬 배치 개선 정도를 객관적 수치로 검증합니다.

• MolProbity 및 물리적 지표 변화 추적:

  초기 예측 좌표와 최종 제출 좌표 사이의 원자 충돌 점수(Clashscore), 라마찬드란 적합도, 결합 에너지 변화를 종합 비교합니다.

• 수화 정책(Solvation Policy)에 따른 영향 고찰:

  용매 분자 배치 유무가 결합 포켓 및 복합체 안정성에 미친 실제 효과를 데이터 기반으로 공유합니다.

HanjariFold는 앞으로도 순수 학술 연구 목적에 부합하는 투명하고 재현 가능한 단백질 구조 정제 파이프라인을 구축해 나가겠습니다. 12월 공식 결과 발표 이후 심도 있는 데이터 분석 글로 다시 찾아뵙겠습니다.